Поставил себе начисто 64 разрядную систему и она оказалась очень лагучаю.
Долго мучал Гугл. Проблема не у меня одного оказалась.
В общем нашел, как мне кажется, решение. Кто то на askubuntu, не знаю как он это вообще вычислил, сказал убрать в CompizConfig Settings Manager галочку с Place Windows из раздела Window Management.
И помогло, вроде, но окна стали появляться за треем и это очень неудобно их оттуда выковыривать.
Поэтому в меню Place Windows можно выбрать любую опцию отличную от Smart и, как мне кажется, все в порядке.
Это просто может кому пригодится, т.к. я набрел на это решение чисто случайно на какой то Х странице гугл.