Да, оставьте где есть.
Он же не мешает Вам на рабочем столе.
Воообще грубо в операционной системе Linux принято, что пользовательские файлы, в том числе и рабочий стол находятся внутри каталога /home.
А во всех остальных каталогах находятся программы, конфигурации и прочая системная ерунда.
Для общего развития,
тут неплохое описание этой канители.
Откройте терминал и введите команду:
find /home -type d -maxdepth 2 -print
То, что напечатается на экране, скопируйте и покажите здесь.