в таком случае, ИМХО, проще всю систему в ОЗУ грузить, ага..
Можно не всю. Вся может и не поместиться, если мало ОЗУ. Сделать RAM-диск, кинуть туда корень и папку /sbin, вместо остальных системных папок поделать символические ссылки на папки, которые на флешке. Всю инициализацию всунуть в initramfs.
Ну, или совсем другой подход. Написать маленький демон или модуль ядра, который будет 5 раз в секунду проверять соединение с флешкой, если соединения нет, рубить питание.