Для манипуляций с ярлыками на панели unity можно просто вручную редактировать запись в dconf
это просто пример, а не готовое решение:
#!/bin/sh
app=""
while read i; do
app="$app'application://$i.desktop', "
done << EOF
gnome-terminal
org.gnome.Nautilus
opera-beta
thunderbird
transgui
libreoffice-writer
virtualbox
mangler
gedit
gnome-calculator
rhythmbox
smplayer
EOF
app="[$app'unity://running-apps', 'unity://expo-icon', 'unity://devices']"
gsettings set com.canonical.Unity.Launcher favorites "$app"
поместит на панель ярлыки к приложениям, перечисленным после цикла while (без расширения desktop). Старые ярлыки, соответственно, потеряются.
для показа текущих ярлыков на панели можно использовать
gsettings get com.canonical.Unity.Launcher favorites