Использую reaver из репозитария kali linux.
Если нужны новые возможности (pixiewps) - версия 1.5.2, если не нужны - 1.4.
Описанных вами глюков не замечал. Для каждой AP reaver создает в каталоге /etc/reaver
файл с именеи типа BESSID.wpc. В нем указано где завершилось сканирования для данной AP.
При некоторой сноровке можно, отредактировав его вручную, заставить reaver работать с любого PIN.
Может у вас какие параметры с строке запуска reaver (например -p), смотри man reaver.