Решение медленной записи на флешку USB 3.0 в ubuntu следующий, не нужно использовать штатный файловый менеджер (nautilus), я использовал Midnight Commander (mc). Кстати, проблема медленной записи на usb 3.0 наблюдается только на флешке, если подключать внешний жесткий диск, то падения скорости нет.