Alexey-S, проблема специфична для Libre или ещё выскакивает ?
На большинстве программ ошибка повторяется.
Nautilus ведет себя точно так же.
Окно черного терминала, так же, без меню.
Окно "параметры системы", так же, без меню.
Но опять, же, если в вызове программы указать "env UBUNTU_MENUPROXY= ", проблем нет.
И для примера, окна VirtualBox, меню присутствует.
Опять же, замечу. На всех машинах была штатная процедура обновления с 15.10 на 16.04. И только на одной машине случилось такое несчастье с меню.