Аналогичная проблема, которая появилась после апгреда до xenial
Курсор начинает отрисовываться, если отдать мышь в виртуальную машину virtualbox и вернуть его обратно.
Полагаю, что у virtualbox'а есть скрипт, который запускает повторный процесс инициализации курсора мыши.
uname -a
Linux PCNAME 4.2.0-21-generic #25-Ubuntu SMP Wed Dec 2 18:42:25 UTC 2015 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux