Ну вот, в NTFS не поддерживаются Linuxовые атрибуты файлов, ЕМНИП. Вообще удивляюсь, как оно хоть как-то работало, если конфиги на NTFS.
Zabqer, устанавливайте систему с нуля нормально, хомяк - в ext4 (оно по умолчанию так). Второй диск лучше вообще отключите на время установки. Перед этим нужные файлы сохраните в резервную копию, на всякий случай.