А вы в самой netbeans порт для отладки тоже меняли?
У меня как то была такая проблема, на винде еще.
Так оказалось изза того что нужно было в самой netbeans порт для отладки указать, причем с указанным портом 9000, отладка не хотела запускаться, ставил 9003