Свои скрипты в какой кодировке пишешь.
Вот на эту кодировку и настраивай все.
phpmyadmin это оболочка и смотришь ее через браузер, работает и сам брузер, который показывает только одну кодировку, которую он определит с помощью своего автомата, или которую ему подскажет скрипт. Я это так понимаю.
Практически у меня последние сервера под utf-8. Код сохраняю в bluefich editore , как utf ,база то же в utf.