Да, формат 0.9 располагает суперблок в конце раздела. Так что раздел может быть смонтирован как отдельный том без участия mdadm.
Как я это сделал:
1. Создал массив md0 из /dev/sda1+missing
2. При установке указал использовать его как EFI.
3. После установки (помучался изрядно, были аппаратные проблемы) собрал все массивы полностью.
Главный момент:
# tail /etc/mdadm/mdadm.conf
# instruct the monitoring daemon where to send mail alerts
MAILADDR root
# definitions of existing MD arrays
ARRAY /dev/md0 metadata=0.90 UUID=8738f3e7:91896e1d:e368bf24:bd0fce41
ARRAY /dev/md1 metadata=1.2 UUID=d36f3bf5:f320055f:317d3880:08f835aa
ARRAY /dev/md2 metadata=0.90 UUID=5aef7b1d:9c6dc2a4:35da8c23:a0a15a85
# This file was auto-generated on Mon, 15 Aug 2016 23:55:43 +0300
# by mkconf $Id$
ОБЯЗАТЕЛЬНО надо прописать массивы в /etc/mdadm/mdadm.conf
Не полностью, именно как в примере - имя, формат, UUID.
И пересобрать initramfs полностью.
update-initramfs -vck $(uname -r)
Это позволит собирать массивы правильно ещё на стадии загрузки initrd.