Около месяца назад, эдесь на форуме у человека была похожая проблема (не мог BIOS выствать на первое место загрузку Ubuntu). Проблема решилась странным образом. Флешка изначально записывалась через Rufus с настройками GPT для компьютеров с UEFI, через Rufus перезаписал флешку как MBR для компьютеров с UEFI, переустановил систему и эта проблема решилась.
Установлена Win 7, а разметка диска явно от Win 10.