simulator-t, смотря чем и как вы его будете забивать.
1. Если это пользовательские данные, просто скопированные с Linux-раздела и с возможностью их скопировать на любой компьютер, в том числе под управлением Windows - то да, NTFS - единственный адекватный вариант.
2. Если всё тоже самое, но сделан бекап-архив с помощью какой-либо программы, то ФС на разделе с архивом не очень важна, так как всё зависит от программы, которая потом всё это будет из архива восстанавливать.
3. Если это бэкап самой Linux-системы, с возможностью восстановления, то Windows и NTFS здесь ни при чём. Насколько помню, NTFS не понимает линкуксовых прав, а потому скопировать всю систему "как есть" не получиться. Хотя здесь могу и ошибаться, поскольку это всё равно будет архив, а не Live-система.