Okalash, Микрофон встроенный или внешний?
В скайпе
"Настройки" - "Устройства" - "Открыть настройки PulseAudio" -"Конфигурация" и там нужно выбрать аналоговый стерео выход.
Если проблема только в скайпе. Нужно проверить вообще в системе работает микрофон или проблема заключается в настройке скайпа.
sudo apt-get install cheesee
И попробуйте записать видео и проверить есть ли звук.