У вас всего один сервер описан.
Я намеренно так сделал. Сообщением выше суть проблемы.
Попробую убрать все лишнее из предложений.
Сейчас из двух сайтов site1.ru и site2.ru описан только site2.ru.
Захожу на сайт site2.ru (без index.php) то, меня перекидывает на site1.ru (но он выключен!), а под этим доменным именем (site1.ru) отображается site2.ru, т.е. как будто site1.ru это и есть site2.ru.
А если я захожу на site2.ru/index.php, то остаюсь на site2.ru/index.php.
Может быть я не понимаю логику работы nginx? Запутался в край.