sandro-zayn,
На время установки Windows отключите SSD с Ubuntu, а то есть вероятность, что Виндовый загрузчик пропишется на SSD. В этом случае, во-первых он затрёт GRUB и его (GRUB) нужно будет восстанавливать, во-вторых Windows не сможет загружаться с HDD, если например отключить SSD. После установки Windows подключить SSD и назначить с его загрузку в BIOS, загрузить Ubuntu и обновить GRUB
sudo update-grub
после этого Windows должна будет появится в GRUB.