Для подобных случаев использую VirtualBox с WinXP - работает на ура! После установки винды, надо в виртуальный cdrom определить iso образ с драйверами от VBox (входит в состав VBox), и установить эти драйвера. WinXP (в отличии от семёрки) особенно не требовательна к ресурсам, и хорошо идёт на виртуалке даже на слабых и старых ПК. На реальном компьютере можно расшарить папку (или несколько папок), которые будут видны на виртуалке в качестве сетевых дисков. Можно включить общий буфер обмена в какую либо одну или в обе стороны, чтобы "копипастить" текст из винды в линукс и обратно (может вызывать глюки у некоторых программ).
Наверное, для виндузных программ (но не игр!), которые не дружат с wine, VBox - лучшее решение.
Ну а резервное копирование файла-образа виртуального жесткого диска избавит от необходимости переустанавливать винду, в случае, если что-то пойдёт не так...