Не уверен насколько это правильно в контексте решаемой Вами задачи, но если чисто на вопрос заголовка топика отвечать (как добавить скрипт в автозагрузку), то можно выкрутиться таким образом:.
1. Создаем файл ярлыка (.desktop). В нашем варианте (если скрипт "НАШ_СКРИПТ.sh" лежит в директории /etc/init.d/) его можно создать в домашней директории вводом команд:
echo "[Desktop Entry]" > $HOME/MyAutostart.desktop
echo "Type=Application" >> $HOME/MyAutostart.desktop
echo "Name=MyAutostart" >> $HOME/MyAutostart.desktop
echo "Exec=/etc/init.d/НАШ_СКРИПТ.sh" >> $HOME/MyAutostart.desktop
Либо просто в текстовом редакторе вводим (и сохраняем в $HOME/MyAutostart.desktop):
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=MyAutostart
Exec=/etc/init.d/НАШ_СКРИПТ.sh
2. Даем ему права на исполнение:
chmod +x $HOME/MyAutostart.desktop
На этом этапе не худо бы запустить его и проверить - отрабатывает ли скрипт. Если пишет "Команда не найдена", то проверьте есть ли у самого скрипта права на исполнение.
3. Далее копируем наш ярлык в директорию автозагружаемых:
sudo cp $HOME/MyAutostart.desktop /etc/xdg/autostart/
Перезагружаемся/перезалогиниваемся. С Ubuntu Server не проверял, но на разных версиях 16.04 (Unity, MATE, Lubuntu) сам принцип работает без затыков.