Биндинги же создают точки монтирования?
Нет. Точку монтирования создаете Вы сами. Или это созданые системой ранее директории.
Правильно ли будет отказаться от биндингов в пользу редактирования user-dirs.dirs
Да. А вдруг вы смените у себя локализацию и точка монтирования "пропадет". Если делать через user-dirs.dirs то это не будет иметь значения
А в $HOME сделать симлинки на эти папки?
Читаем предыдущий пункт
Или можно так и оставить биндинги?
Можно, если не намерены играться с локализациями или добавлять 100500 новых пользователей и для каждого потом прописывать fstab
Просто не пойму какой из этих методов лучше и на что влияет (производительность допустим).
Влияет на удобство. user-dirs.dirs - своего рода аналог симлинков, только автоматический