Что-то Вы чем больше пишете, тем меньше понятно. Давайте по порядку:
1. В каком "режиме" поставлена каждая из операционных систем?
Загрузитесь в Ubuntu, и дайте вывод команд (если пусто - так и напишите, что пусто):
modprobe efivars
efibootmgr
После этого стартуйте в Windows10, зайдите в меню "Поиск", наберите "cmd" (без кавычек, разумеется), кликните по ярлыку консоли правой кнопкой мыши, выберите "Запуск от имени администратора", в открывшейся консоли введите "msinfo32" (тоже без кавычек). Сюда (на форум) прошу Вас прописать содержимое строчек:
"Версия BIOS"
"Режим BIOS"
Первая нужна чтобы посмотреть что у Вас за меню настройки такое экзотическое (возможно, по нему руководство в интернете есть, и можно будет подсказать Вам как с ним дальше воевать), вторая, если я правильно понимаю, не являясь счастливым обладателем Win10, - покажет нам режим работы Вашего Bios с точки зрения запущенной Win10.
2. Исходя из озвученной Вами конфигурации:
Первый диск SSD Samsung 250 за место штатного винта (на нем Windows 10), второй обычный ноутбучный винт wd 750 Gb (на нем Ubuntu 16.04), подключен за место ноутбучного сидюка
...
Так же в биосе в меню информация отбражается только винт подключенный только к первому sata
внимательно проверьте последовательность загрузки в BIOS. Второй диск (тот, что вместо "сидюка") в Вашем случае вероятнее всего отображается в BIOS как DVD-rom (причем неизвестного
науке производителя). Отталкивайтесь от того, что это что-то, что не содержит в названии "IP" (т.к. там вероятнее всего будут присутствовать соответствующие пункты), и не содержит в названии "Samsung" (т.к. это Ваш SSD). Емкость его Вы там тоже не увидите по идее, т.к. работает он у Вас с материнской платой не напрямую, а через конвертер интерфейсов. Вам следует выставить приоритеты загрузки:
--- 1. Загрузка с диска, на котором Ubuntu
--- 2. Загрузка с диска, на котором Windows
Приоритеты, как правило, задаются в разделе с названием Boot меню настроек UEFI/BIOS.
3. Вы пишите, что
в меню boot все устройства есть.
При обоих подключенных дисках, если вызвать при старте ноутбука меню BOOT, и выбрать там диск, на котором стоит Ubuntu - загрузка Ubuntu происходит?
Если происходит, то в загруженной таким образом (при ОБОИХ подключенных дисках) Ubuntu откройте терминал (Ctrl+Alt+T), введите в нем
sudo update-grub
и покажите здесь вывод этой команды (скопируйте текст и вставьте под спойлер).
4. В меню настроек BIOS/UEFI пункт "Secure Boot" есть? Я подозреваю, что у Вас он включен. Попробуйте его отключить. В некоторых реализациях меню настроек UEFI/BIOS данная опция блокирует состояние триггеров (а иногда и прячет сами триггеры) Legacy/UEFI. В особо запущенных случаях данная опция может (при условии обнаружения загрузчика Windows в паре с иным загрузчиком, либо при условии наличия более чем одного раздела с конфигурациями EFI,
либо в еще каком необработанном исключении, которое взбрело в голову не следовавшему спецификациям UEFI вендору конкретной данной материнской платы) блокировать загрузку полностью
5. Никогда не сталкивался на практике с RAID, но могут быть разные казусы. Вопрос: Вы уверены, что у Вас эти два диска (SSD в SATA [где Windows 10] и HDD в CADDY [где Ubuntu]) в RAID не слеплены? Если в меню Bios (на какой-нибудь Advanced Settings или типа того) увидите заветное RAID - попробуйте перещелкнуть это в AHCI, и после этого загрузиться. Поведение может кардинально измениться.