Ferum01, насколько я понял, проблема всё еще актуальна...
0/ В настройках BIOS на вкладке Configuration в строчке "SATA controller working mode" у Вас что написано?

Если что-то кроме AHCI - прошу Вас это переделать на AHCI и попробовать стартовать с двумя дисками, - возможно это и есть решение всей проблемы, и дальше можно уже не читать (у Вас вроде bios за какой-то надобностью умеет IDE эмулировать, а в IDE были приоритеты дисков, а как он эти приоритеты на SATA расставляет - шут его поймет, ведь там нет перемычек соответствующих, - может они у него по дефолту оба master или типа того).
1/ Ранее по моей просьбе Вы давали:
quiet splash
Небольшая вероятность увидеть вместо черного экрана хотя бы кусок лога загрузки, исходя из этого, у нас есть. Загрузитесь в Ubuntu. Откройте от имени суперпользователя файл (текстовый редактор в команде приведен стандартный для ubuntu gedit, если у Вас что другое - подставьте имя своего редактора):
sudo gedit /etc/default/grub
найдите строчку
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="quiet splash"
исправьте её содержимое, исключив оттуда слова "quiet" и "splash", чтобы получилось примерно так:
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT=""
После этого выполните
sudo update-grub
Далее выключаем ноутбук, подстыковываем второй диск, загружаем GRUB (как у нас это ранее получалось, через загрузчик Windows хотя бы), и пробуем из GRUB запустить Ubuntu. Смотрим что происходит на экране. Возможно на сей раз вместо черного экрана мы увидим нечто иное (должно проявиться логирование загрузки операционной системы, на каком-то этапе будет стопор; записи из терминала, если они есть, было бы неплохо сфотографировать и показать здесь).
2/ Раз уж с флешки получается стартовать при обоих подключенных физических дисках, покажите пожалуйста оттуда (с LiveUSB) вывод команды:
sudo blkid
3/ А вообще - я в данном случае попробовал бы просто переставить обе системы на твердотельник, отказавшись от использования legacy (переходите на EFI, переразметив диск в GPT), выделив второй жесткий диск целиком под файлы (вынести туда /home и диск D:\). Я все еще подозреваю, что Ваш BIOS просто отказывается понимать более одного MBR с загрузочной записью на шине SATA, - черт их знает, этих производителей, но legacy - он и есть legacy (режим совместимости, а не штатный режим работы).
EvangelionDeath, не сочтите за дерзость, но:
Да без проблем
все же с проблемами.
Мой пост, на который Вы ссылаетесь, - мы пытались выяснить в каком режиме данный BIOS грузит уже установленную на другом диске Windows. Исходя из записей самой Windows - все свидетельствует о Legacy. Команда же, данная под Ubuntu:
sudo dmidecode -t 0
не дает никакой информации о реализованном механизме загрузки windows о общем случае (исключая те случаи, когда устройство вообще без efi), поскольку показывает лишь подробную информацию о самом bios. Правильно ли я понимаю суть происходящего? Да и вообще - как можно из-под одной системы (той же Ubuntu) узнать как поставлена другая (та же windows)? Исключений слишком много... Просто если брать режимы железа - определили мы что есть EFI, - ничего не дает, т.к. может быть как в EFI, так и в Legacy. Определили мы что там, к примеру, MBR. Но на нем есть раздел FAT с флагом esp, причем на этом разделе лежит соответствующий бинарник в /EFI/microsoft/boot... Нам это снова ничего не дало - кто его знает, есть ли там, на этом же диске, загрузочный сектор, и не грузит ли BIOS эту самую оффтоповую windows через него (что в ее понимании - та самая загрузка в legacy; при этом опять-таки нет гарантии что оффтопик не грузится с этого же бинарника bootmgr.efi). В том-то и был камень преткновения, в особенности в условиях отсутствия информации о структуре разделов на диске. Если сейчас blkid еще efi где-то на диске найдет - будет совсем весело...
За команду в очередной раз спасибо, - не знал о ее существовании до сих пор, запишу себе. Вы мне уже ранее подобным образом помогали, - очень признателен.