MrAcroMan, вы хоть подскажите с чего это началось?
У Вас одновременно задействованно 2 варианта индикации переключения окон. Другие графические окружения, как Вы утверждаете, Вы не ставили (раз чистая ОС). Настройки Compiz тоже, говорите, не меняли. Давайте откатимся назад и вспомним: что последнее делали с системой до возникновения данной проблемы?
Может, приложение какое установили, и оно по зависимостям что-то подтянуло... Просто без этой информации сложно Вам помочь, - тут остается только рыться в настройках системы, ИМХО.