Как исправить то, что при сохранении файлов из браузера открывается файловый менеджер nautilus
С чего вы взяли, что это наутилус?
Для открытия-сохранения файлов используется компонент "file chooser".
По большому счету он не имеет никакого отношения к файловому менеджеру. Ни к thunar, ни к nautilus.
Просто этот элемент в браузере использует gtk3. Поэтому и напоминает наутилус.