...а в каталоге /etc/NetworkManager/system-connections/ отсутствуют
Насчет блутуз-соединений не скажу - не приходилось видеть, блутуза нет.
А для остальных...
По умолчанию соединения создаются без флажка "All users may connect to this network" (вкладка "general" редактора соединений).
Где хранится конфигурация этих соединений мне найти не удалось.
Только если установить флаг "All users may connect to this network" файл конфигурации соединения будет сохранен в каталоге /etc/NetworkManager/system-connections.