Значт по поводу 2х одинаковых каталогов:
Они чем различаются? Разный регистр букв? написание?
Скрипт, отвечающий за каталоги пользователей, находится тут:
vi /etc/postfix/mysql-virtual_mailboxes.cf
user = mail_admin
password = mail_admin_password
dbname = mail
query = SELECT CONCAT(SUBSTRING_INDEX(email,'@',-1),'/',SUBSTRING_INDEX(email,'@',1),'/') FROM users WHERE email='%s'
hosts = 127.0.0.1
Если у тя разные регистры, значт какие-то пользователи записаны с доменом в названии ящика в другом регистре.
Например: user@Example.com и user@example.com попадут в разные каталоги