Спецификации NTFS закрыты, а потому запись на NTFS-разделы в Linux'е может приводить к ошибкам. Если позволить винде производить запись на разделы с Linux-овскими файловыми системами, ошибки почти гарантированы. Но есть файловые системы FAT, которые для винды родные и которые Linux знает не хуже своих родных файловых систем. Так почему бы не держать файлы, которые должна быть доступны обеим осям, на FAT-разделе?