n3sh1g, в зависимости от конкретного образа multisystem формирует конкретную (одной ей и ее разработчику понятную, по совести говоря) конфигурацию загрузки, в которой, в том числе, определено через что (GRUB2, grub4dos, Syslinux, ...) данный образ будет грузиться. В данном случае ничего иного, кроме как перековырять все меню на флешке у Вас не остается. По этой причине я когда-то и перестал пользоваться данной софтиной (хотя поначалу очень ею восторгался), и перешел на
MultibootUSB. Так что у Вас, как говорится, два варианта ))
Еще в виде альтернативы могу посоветовать полнотекстовый поиск по корневому каталогу флешки на предмет упоминания в конфигурационных файлах имен файлов Ваших образов. Где они встречаются - подмечаем. Далее ищем к какому загрузчику относится данный конфигурационный файл. И таким образом понимаем в итоге через что multisystem пытается их прогрузить, а отсюда - понимаем в какой из загрузчиков следует кидаться в boot-меню.
grep -lr string /directory #Рекурсивный поиск файлов (в директории /directory и всех поддиректориях), содержащих искомое слово string с учетом регистра