чем чревато их неотключение?
нарушением работоспособности всей системы, ИМХО, в самом плачевном варианте. Репозиторий - хранилище пакетов. Версии систем разные. Пакетное наполнение у них - тоже разное. Поэтому репозиторий от 16.04 к 18.04 подключать, скажем мягко, не кошерно. Однако в данном случае значительно легче было сделать так, чем выуживать информацию о завсисимостях и вручную дергать конкретные пакеты, получая при том новую ругань на зависимости. После сборки имеем готовый бинарник, которому уже как-то по боку - он запускается и сам по себе, а значит и репозитории от старой системы нам более не нужны, и лучше их отключить, чтоб с зависимостями путаницы не возникало, - а то не ровен час при очередном обновлении поломается еще чего, если не отключить...