Так я не помню что обновлялось, как Ubuntu обновлялась так я и обновлял, я ей доверяю.
Ну так всё верно. Вам не приходило в голову, что это стандартные приложения системы (или DE)? И их обновления - нормальная вещь, собственно, в этом вся суть обновлений. Если же некоторого функционала с системе не было, и создатели, например, рабочего окружения, решили его добавить, то они вполне вправе установить и те свои приложения, которых раньше по-умолчанию не было. Ну а то, что в "Менеджере приложений" указана старая версия, так то проблема "Менеджера приложений" и общей политики его наполнения - там зачастую не просто старые, а очень старые версии, особенно для LTS. Обновления базовых программ прилетают, соответственно, через базовый репозиторий, сторонних программ - через их собственные репозитории. "Менеджер приложений" в этой схеме, по-сути, не участвует.