Я спорить не собираюсь. Пусть гуру рассудят

Я не прописывал нвидию, так как во всех манах по ручной установке вообще-то было так:
DISABLED_MODULES="nv nvidia_legacy nvidia_new"
Сейчас ситуация немного изменилась (я имею в виду Ubuntu 9.04), это так. Модуль 'nvidia' и там и там. К тому же в системе присутствует еще и dkms. Короче я сначала был в шоке, когда не смог стандартно установить руками дрова (дело в том, что я сначала их разрешил в "рестриктед менеджере", после чего докачалась и установилась убунтовская нвидиа). Потом уже решил поставить с офф. сайта руками, но не отключил их в том же менеджере проприетарщины

В этом была моя ошибка. Их надо было либо отключить, либо просто изначально вообще не включать там, а ставить сразу. Тогда бы не напоролся на косяки.
Ну, а так уже, напоровшись один раз, буду значть на будущее, что и как.
P.S.
выполняю sudo nautilus иду в /etc/default
Кстати ты плохо читаешь документацию к системе. Рекомендуется запускать графические приложения от рута таким образом:
gksu nautilus
И вообще стараться избегать рутового запуска графики. Почему не поставить 'mc' и заходить и править все, что хочешь.