В общем после долгих поисков решил эту проблему.
1. Сперва откопал какой-то старый ливСД со старой Виндой и partition gagic 8 на борту. При его открытии он нашел "пересекающиеся разделы" и в таблице разделов снес изменения. При этом весь диск стал помечаться как не размеченное пространство.

2. Тестирую диск различными утилитами обнаружил что первичны диск с Виндой на жестком диске читается. Починил mbr и загрузился с него. Диск с Виндой оказался поврежден (по данным paragon)и соседний расширенный раздел с тремя разделами ext4.
3. С ливСД проверил и удалил ошибки с помощью chkdsk. А затем починил Виндовый раздел по инструкции
https://kb.paragon-software.com/ru/article/189.
3. При этом один из моих логических разделов на расширенном разделе пометился как "неразмеченное пространство". В Лубунты на флешке загрузился и testdisk-ом нашел его. Слава testdisk!

4. После перезагрузки нумерация моих разделов изменилась и стала 1, 2, 3, 4. То есть таблица разделов полностью переформатировалась. Ранее была 1, 7, 5, 6. Далее попытался Клонезиллой снова скопировать раздел.
5. На этот раз появилась другая ошибка. couldnt find valid filesystem superblock. Погуглив я понял что теперь ошибка в самой клонезилле. Обновив до последней версии ошибка пропала и все заработало!

Выводы: При переходе из Убунты в ЛUbuntu, да собственно, при любом создании разделов оставляйте опцию "Выровнять по : МиБ". И не важно сколько останется свободного места между разделами и как эстетично будет смотреться таблица разделов с пустыми пространствами. Особенно это важно если в системе присутствуют разделы ntfs. Если конечно не хотите проходить такие же квесты, на пару дней, как я выше!
https://losst.ru/wp-content/uploads/2017/04/Snimok-ekrana-iz-2017-04-11-18-09-56-1024x576.pngСпасибо, читавшим и пытавшимся помочь!