Кто куда выгружается?
Пометка раздела как загрузочный нужна только при загрузчике установленном в раздел (и grub, и windows-загрузчик), при установке в начало диска не используется, и, как правильно заметили, bios ничего не знает ни о флагах, ни о разделах.
При старте загрузки с диска, bios загружает в память первые 512 байтов, проверяет валидность и передает им управление. Если говорим о таблице разделов msdos, то в эти 512 байт входит и загрузчик, и таблица разделов. Далее все зависит от этого исполняемого кода, как правило он ищет где находится вторая стадия и загружает ее.