Решил

Оказалось, есть скрипт allegro-config.
allegro-config --libs
Выдаст список ключей для
стандартного линкера. Они будут разделены пробелами. Но линкер freebasic хочет чтобы ключи разделялись запятыми. Поэтому либо придется каждый раз писать этот список через ключ -Wl freebasic'а, разделяя все запятыми:
./fbc -Wl -L/usr/lib,-lalleg-4.2.2,-lm,-lXxf86vm,-lXcursor,-lXpm,-lXext,-lX11,-lpthread,-ldl ./hello.bas
Либо переделать скрипт allegro-config так, чтобы ключи сразу разделялись запятыми, а не пробелами. Тогда будет покороче:
./fbc -Wl 'allegro-config-fb --libs' ./hello.bas
Я думаю, есть способ и поизящнее этого, т.к. программы, использующие, например, gtk+ или cairo у меня компилятся без такого шаманства
