Удалить раздел с ней, потом...
Можно проще. В установщике указываешь, раздел, куда установить, помечаешь "форматировать". Все, что было на этом разделе будет уничттожено.
Или это не имеет значения?
Не имеет. Главное: есть только одно место, для одного загрузчика - MBR.