Я С не знаю, но да, симлинки это ссылки на другие файлы \ папки.
Знаю как минимум 1 клиент, который не видит разницы между симлинками и папками, и закидывает всё в облако. Но он только для Гугла.
Возможно, другие клиенты будут вести себя так же.
Вот с разворачиванием в автоматическом режиме будет проблема, но не в том, что папок может не существовать.
А в том, что в бэкапе не будет информации, какая папка откуда взялась изначально.
Вместе с бэкапом нужно будет хранить некую настроечную таблицу (просто текстовый файл с сопоставлениями) и bash скрипт, который будет эту таблицу читать и разворачивать бэкап правильно.
Впрочем, я в bash не силён, мне было бы проще такое на Питоне написать.
Пользователь добавил сообщение 13 Сентября 2020, 15:46:23:
P.S. в итоге, конечно, проще освоить rclone