строка
Exec=/usr/bin/onlyoffice-desktopeditors %F
вместо %F в конце, имела %U
- ну и что?..
Сча посмотрел у себя, и вижу: Exec=/usr/bin/onlyoffice-desktopeditors
%U, прикола ради взял да и изменил на
%F, и все как нормально работало, так и работает!
И вообще, каким, по-твоему, боком эти литеры
в desktop-файле (ведь это только ЯРЛЫК приложения) могут повлиять на открывание документа по даблклику, и уж тем более на его открывание командой в терминале ?!.

ЗЫЖ когда-то, в далеком 2009 году, народ на нашем Форум пытался
обсудить интересующий многих вопрос, что это за символы такиЯ, и зачем нужны, рекомендую почитать (Тема состоит всего лишь из семи Ответов, ключевой - четвертый)