https://ru.wikipedia.org/wiki/GeanyЭто очень старый проект, очень популярный и широкофункциональный, среди программёров, практически, как МС Офис среди конторских работников.

Нельзя любым сбоем создать папки "045e 04ec",
Если я правильно понимаю, то это не папка, а файл. Любое устройство в Линуксе отображается в виде файла. Ты флэшку всунул и автоматом создался файл самой системой. И Линукс обращается к любым устройствам через этот файл. Если я ничего не путаю, то в винде это реализовано не так.
Ты может ничего не подключал, но на самой материнке сидит куча устройств, для которых система создаёт файл для обращения к ним, без этого они не будут работать. В винде, если устройство не распозналось (надо ставить отдельно дрова с диска), то в диспетчере устройств вылазит неопознанное устройство с большим жёлтым знаком вопроса. Линукс, как правило, находит дрова для всех устройств. Если не находит, то вылазят глюки и геморрой, и юзеру светят танцы с бубном.

По Вашему я сам их создавал?
Их создать могла сама ОСь. Для этого не нужен никакой руткит. Либо, может так работать какая-либо программа, но к вирусу это не имеет никакого отношения.
По поводу клавы. Разрабы постарались, что бы В Лине не работали никакие клавиатурные шпионы, так что поведение виртуальной клавы больше смахивает на баг системы, такое к сожалению бывает. Когда я только пробовал Линукс в далёком 2000-чи лохматом году даже сама графика работала криво, звук не приклеивался, а каждая вторая прога после двух кликов отправлялась аут. Тогда и зародилось мнение, что весь софт под Линь-- непотребное сырьё. Но уже прошло куча лет с тех пор. Доработали и аппаратную часть и проги повзрослели. К ним много претензий, но теперь их назвать жалким подобием программ будет не справедливо.

Я не утверждаю, что все копии плагинов для Geany заражены (кстати его нет в Центре приложений), просто мне не повезло и я установил рукит с плагином из сомнительного источника.
Не знаю, как в твоём репозитории, но в убунтовском прога сидит в разделе программирование, с самым большим количеством отзывов и очень высоким рейтингом-- 4,7.
Скачивать пакеты с официальных сайтов сообщества, где дают и исходники программ вполне себе безопасно. Они зарабатывают этими проектами, поэтому писать какие-нибудь вирусы и руткиты для этих людей подобно самоубийству.
