Делал как то такой перенос системы исключительно в образовательных целях.
Конвертировал таблицу разделов в GPT.
Затем выделял пространство для загрузчика.
Затем подрубал ещё один диск и начинал установку Ubuntu на этот диск, при указании диска для загрузки указал тот диск на котором уже была установлена Ubuntu.
Затем после установки отрубил второй диск и обновил Grub чтоб информация об этой системе удалилась.
Всё работало.
Может конечно геморойный способ и топорный но он сработал.