Не ожидал, что ручной и автоматические способы монтирования отличаются...
Отличаются, как небо и земля.
Хотя-бы такой пример, mount позволено исполнять только "руту", "автоматика" монтирует от "пользователя".
Mount - везде mount. "Автоматика" - в каждом DE своя.
Кстати, это подсказало возможную проблему, права.
Удали все из каталога /media. После этого пробуй монтировать.
А логи, как ни странно, в /var/log. Более "современные" - /var/log/journal.
Удалил все из папки media (пришлось с правами root), но автоматом разделы не смонитировались.
Проблему автоматического монтирования решил след. образом. В утилите диск есть настройки по каждому разделу. Там изменил точку монтирования и все стало работать корректно в автомате.