Слово клон, означает абсолютную копию.
Если склонировал, то будет всё абсолютно такое-же.
Пример на пальцах.
src - источник, что будем клонировать.
dest - приемник, куда будем клонировать.
Приемник должен быть равен или больше источника.
dd if=src of=dest
Собственно, только это и можно назвать клонированием. Всё остальное, с оговорками.
Отключаешь src, подключаешь dest.
Если во время переключения твой конкретный УЕФИ забыл загрузочные записи, то это особенности твоего конкрктного УЕФИ.