Основные плюсы netbeans:
+ Все для разработки j2ee из коробки.
Удали нафиг тот, что идет с Ubuntu и поставь нормальный, скачаный. Голый склипс идет без j2ee компонентов. Ищи проект Eclipse WTP (Web Tools Platform) на eclipse.org.
+ Редактор GUI
Ну и в еклипсе тоже. Поддерживает Swing и SWT. Properties компонента представлены лучше.
+ Шустрее работает
Ннекдот.
Также у eclipse имхо гораздо менее интуитивный интерфейс,
Чуть менее интуитивный, зато гораздо более удобный. Более-менее статичные лсйауты (Perspectives) под каждую конкретную задачу - это лучше, чем постоснно выскакивающие сбоку и сницу бары и панели.
чтобы поменсть настройку приходится вспоминать где какая кнопка
В склипсе тыссчи настроек. О какой кнопке идет речь?
и совершенно мудренас система запуска приложений, т.е. она живет какбы отдельно от проекта
может тут конечно какое-то ноу-хау в которое с не въехал.
Да естественно. У проекта может быть куча пускаемых файлов, которые могут работать одновременно. Проект может быть и библиотекой и веб апликацией, и просто сборищем пробного дерьма...
Система перспектив eclipse тоже для меня осталась загадкой, т.е. при работе реально использовал только java-perspective.
Вот когда ее разгадаешь - поймешь удобство склипса.