Да, наличие каталога подтверждает, что где-то ошибся с применением sudo в запарке решения проблемы. В здравом уме я программы с интерфейсом под sudo не запущу.
Спасибо большое, я многое узнал за 2 недели использования линукса. Полностью перевёл все рабочие процессы с винды. Не удалось только установить проприетарные драйвера AMD (OpenGL, Vulkan и OpenCL - последний очень нужен). Под ubuntu 24.4 уже не работают. А с опенсорсным (Mesa, DXVK) FPS в 2 раза ниже, и нет OpenCL.
По данной проблеме не понял одного - почему при правильном (ручаюсь) удалении swapfile, забившего всё свободное пространство, место не освободилось сразу (и после перезагрузки). Похоже, освободилось не сразу. То, что треш рута забил сам - это уже следствие последующей чистки диска в попытках освободить место. Наверное, особенность ext4 и стечение обстоятельств. Уже не узнать.