Чё-то как-то всё сложно... Открываем
https://packages.ubuntu.com и ищем "klipper" по содержимому пакетов, находим
plasma-workspace.
Если вынос пакета не срабатывает (уносит полKDE, например), то открываем
список файлов пакета и сморим:
/etc/xdg/autostart/klipper.desktop копируем в папку
/home/имя-пользователя/autostart, открываем его там и заменяем содержимое на
[Desktop Entry]
Hidden=true
Далее файл
/usr/share/applications/org.kde.klipper.desktop копируем в
/home/имя-пользователя/.local/share/applications, открываем его там в секцию
[Desktop Entry] дописываем строку "Hidden=true" (без качвычек).
В автозагрузке нет, в меню нет - натурально суслик.