Всем спасибо. Проблема решена. Необходимо указывать путь до порта после ключа -s (-s /dev/ttyUSB0), но появилась другая проблема. Если постоянно запускать digitemp с ключём -s, то появится задержка на 1 секунду в выводе данных. Это время, которое нужно программе digitemp чтобы найти порт, опросить его, получить результат. Задержка в выводе не позволяет zabbix агенту подхватить данные и передать на сервер. Он не знает что данные появятся через 1 секунду и в результате на сервер отправляет пустоту (условно, пробел) которая приводит к ошибке (кстати, в описании ошибки на сервере выглядит это как две кавычки).
Чтобы задержки данных не было digitemp должен создать файл настроек digitemp.conf с помощью команды: /usr/bin/digitemp_DS9097 -i -s /dev/ttyUSB0 -q -c /etc/digitemp.conf. Пути указывать обязательно. Файл digitemp.conf можно создать самому и digitemp потом его просто перезапишет но обязательно нужно дать права на чтение, запись и выполнение файла digitemp.conf пользователю от имени которого запускается digitemp. Иначе в файле настроек будет пусто.
После создания digitemp.conf данные о температуре будут исправно отправляться на сервер.