Вопрос: я правильно понимаю...
Я три раза прочитал. Ничего не понял из твоего описания. Можно предположить, что ты понял ещё меньше.
примотировал внешний жёсткий диск к папке где должны храниться файлы...
В общем случае, зависит что, куда и как примонтировал.
внешний диск отвалился...
В общем случае, зависит что, когда и как отвалилось.
в папке на родном диске после создания контейнера появились файлы...
Они реально появились? Реально, записались на диск, а не в какой-нибудь из многочисленных буферов-кешей?
...после подмонтирования внешнего диска как бы расширелось место?
Как монтировал? Если обычное монтирование "поверх", то только место, что на внешнем диске. Если overlay, то вариантов много.
После его отключения часть файлов ушло...
Что отключение, как отключение? Что значит ушло, куда ушло? Если некорректное отключение, то может не сохранится вообще ничего. Копировал или перемещал? Если перемещал, то может не записаться, но удалиться.
Или когда монтируешь папку папка полностью стирается и заменяется той, что на диске?
Когда монтируешь, ничего не стирается, ничего не заменяется. В общем случае, что монтировал, как монтировал?
А уж в fstab чёрт ногу сломит.
Уж извини, дальше не буду в этот вопрос вникать.