Наверное надо как ты и советовал в BD конвертировать, вот только я ни бум-бум, как потом в этом BD звуковые дорожки удалять/добавлять.
А ты их сразу добавляй и убирай (галочками в GUI), когда будешь создавать BD (там радио-кнопочки есть - Output). А в поле Input files добавляй файлы и со звуковой дорожкой в том числе.
ТсМуксер вставляет в контейнер временнЫе метки, по которым потом тот же Миф очень хорошо передвигается, а если открыть этот же ts-файл в Мифе, то Миф будет тормозить при нажатии кнопки перейти на след/пред эпизод или влево/вправо.
Вообщем, я перевожу такие файлы в BD, однозначно, и с частотой кадров проблем нет.
А тормозит он у тебя в mkv, потому что воспроизводит 25 полей, а не кадров, если поставишь fps в 50 кадров, то всё будет нормально, но это не есть кошерно.
Кстати, mplayer, а следовательно и smplayer как шкурка, может воспроизводить BD. Нужно только поставить в систему либу libbluray, ну и чтобы mplayer был скомпилён с её поддержкой. Я себе сделал.
А запускаетяс вот так: bluray:////FOLDER/Video/KINO
Так же задаём в smplayer-е Адрес...