Довольно много в интернете написано про данную проблему, а именно недостачу самостоятельного Агента Mail.ru для Линукс. Четыре решения данной проблемы:
1) Воспользоваться бывшим линуксовским Агентом, его выложила...
2) Через mrim-транспорт jabber'а...
3) Использовать под wine альтернативный Агент, находящийся сейчас на стадии развития..
4) Виндоусовский Агент запустить под вайном, как это сделать, написано несколькими постами ниже. 
---
Попробовал под вайном, качнул экзешник с майл_дот_ру - естессно, тока с бубном.. Седня чет не стоит на это %)
Jabber - тож на любителя и фанатов ))
Тупо по поиску вышел на флеш-ролик установки уже готового пакета: myagent-im_0.2.1-0karmic1_i386.deb.
Там же и - для других релизов ubuntu, мандривы и фрибзди.
Встало сразу - и завелось с пол-пинка, на удивление. Вон в трее уже горит знакомая зеленая спиралька агента :]
Респект кодеру, и автору этой темы.
Линки:
1. Mail.ru агент в Linux Ubuntu — на Яндекс.Видео:
http://video.yandex.ru/users/panzin/view/2/?cauthor=panzin&cid=12. .deb & .rpm package:
http://code.google.com/p/frol9999/downloads/list