Вообще, гораздо удобнее доставить нужное, чем удалить ненужное. Поэтому я бы посоветовал твёрдо выучить, на каком разделе находится /home, засунуть файлы настройки в архив и раскатать новую систему на основе голого Xorg+openbox с нуля. Не забывая про всякие приятные мелочи вроде автомонтирования (сейчас вроде udev), раскладок клавиатуры (xxkb) и буфера обмена (parcellite).