Хай! У мя на днях было таже проблема. Я уж думал все - с Линей почти на "ты". А тут - пока этот ;%:?*?:% микрофон настроил, выматерился.
Кароч:
1) в алсамиксере включить микрофон (есть внешний-microfon, а если у тя бук, то надо не забыть включить internal). Включить не только на воспроизведение (его можно и отключить), а ГЛАВНОЕ - на вкладке capture(ну это понятно, но все-таки)
2) можно на всякий случай еще и пошариться в гуишных настройках.
3) ну и конечно, в самом скайпе правильно выбрать capture device, хотя оно и по дефолту обычно норм ставится.
Удачи.